Von 1865-71 nach Plänen von Georg Gottlob Ungewitter errichtet. Kirchlicher Mittelpunkt des katholischen Umlandes von Amöneburg, Pfarr- und Dekanatskirche.An gleicher Stelle gründete Bonifatius im Jahre 721 sein erstes Missionskloster, das 732 ausgebaut und durch eine Michaelskirche erweitert wurde. Ende des 13. Jhs. Neubau einer dreischiffigen, gotischen Hallenkirche, die im Jahre 1360 zur Stiftskirche erhoben wurde.Im 30jährigen Krieg stark zerstört, ab 1660 wieder aufgebaut und von 1711-13 im Innern barockisiert.Weitere Schäden im 7jährigen Kriege. 1862 bis auf den massiven Turm abgebrochen, danach Neubau.
Geschichtliches zur Stiftskirche St. Johannes d.T. in Amöneburg
Im Jahre 721 kam Bonifatius nach Amöneburg und gründete dort ein Kloster, dem elf Jahre später eine Kirche folgte, die dem Hl. Michael geweiht war. Über die Geschichte dieser Kirche ist nichts bekannt. Das Kloster wurde wahrscheinlich nach 1200 aufgelöst, da der Mainzer Erzbischof 1217 die Einkünfte des ehemaligen Klosters der Mainzer Kirche vermachte. Trotzdem behielt Amöneburg seine überregionale kirchliche Bedeutung.
Mitte des 13. Jahrhunderts wird eine Kirche in Amöneburg erwähnt, die dem Hl. Johannes d.T. geweiht war, die aber erst gegen Ende des 13. Jahrhunderts fertig gestellt wurde. Hierbei handelte es sich um eine dreischiffige gotische Hallenkirche, die 1360 zur Stiftskirche erhoben wurde. Damit wurden dieser Kirche eine Reihe von Pfarrkirchen der näheren und weiteren Umgebung unterstellt.
Im 30jährigen Krieg wurde die Kirche bis auf einige Außenmauern und den Turmunterbau fast vollständig zerstört. Der nach diesem Krieg begonnene Wiederaufbau wurde erst um 1720 fertig gestellt. Die Innenausstattung war jetzt im barocken Stil durchgeführt. So erhielt die Kirche sieben barocke Altäre, die fast alle von Johannes Neudecker um 1713 geschaffen wurden.
Im siebenjährigen Krieg wurde die Kirche während eines Angriffs der Franzosen im Jahr 1762 erneut beschädigt. Diese Schäden konnten nie ganz beseitigt werden und führte schließlich zum Abriss wegen Baufälligkeit in 1862. Von den barocken Altären sind noch vier erhalten: Zwei in der schröcker Pfarrkirche, einer in der Laurentiuskapelle in Neustadt und einer in der Pfarrkirche in Buttlar in der Rhön.
In der Säkularisation 1802/03 übernahm das Kurfürstentum Hessen das gesamte Stiftsvermögen und gleichzeitig damit die Baulast für die Stiftskirche. Daher stellte der Kurfürst einen Betrag von 30.000 Talern für einen Neubau zur Verfügung, der 1865 begonnen und Ende 1870 vollendet wurde. Die Pläne für das neue Gotteshaus stammten von Georg Gottlob Ungewitter. Der Baumeister war Karl Schäfer, der auch den Innenraum gestaltete. Am 23. Dezember 1871 wurde die Kirche durch den Fuldaer Bischof Christoph Florentius Kött geweiht.
Durch die Anpassung an die im zweiten Vatikanum beschlossene Liturgiereform wurde eine massive Altarinsel in der Vierung errichtet. Die ursprünglich an einer Säule des Längsschiffes hängende Kanzel wurde an den Eingang zum Chor versetzt und diente dort als Ambo. Zur gleichen Zeit wurde der ursprüngliche Orgelprospekt in neuer Farbgebung wieder freigelegt.
Diese Kirche, wie sie heute noch steht, ist eine neugotische Basilika mit Querschiff. Ursprünglich war der Innenraum farbenfroh gestaltet: Dekorbänder und Ornamente verzierten und umrahmten Säulen, Fenster und weitere Architekturelemente. Die Decke im Chorraum war in einem hellen Blauton mit aufgezeichneten Sternen ausgeführt. In den 30er Jahren des 20. Jahrhunderts folgte eine starke Reduzierung dieser Farbenfülle, aber anders als im heutigen Erscheinungsbild war das Sandsteinmauerwerk durch in Lasierung aufgetragene Marmorierungen weiterhin farbig gestaltet. Von März bis Dezember 2011 ist die Stiftskirche innen aufwendig renoviert worden. Bei der Neugestaltung sollten verschiedene Elemente aus der Erbauungszeit der Kirche wiederhergestellt werden. Somit wurde der Hochaltar wieder rekonstruiert und aufgebaut. Die Kanzel hat wieder ihren ursprünglichen Platz an der Säule vorne rechts gefunden. Unter der Empore ist eine neue Taufkapelle entstanden, indem der Taufstein und die kostbare Statue des Hl. Johannes d.T. aus dem Altarraum hierher umgesetzt wurden. Dadurch ist der Altarraum klarer strukturiert. Hinter dem Hochaltar befindet sich nun der Elisabethaltar. Von hier hat man einen herrlichen Blick auf die wunderbaren Kirchenfenster im Chorraum. Durch die computergesteuerte Beleuchtungsanlage und ein digitales Beschallungssystem hat die neueste Technik Einzug in die Stiftskirche gehalten. Die Pendelleuchten sind dimmbaren Strahlern auf dem Gesims gewichen, die auch die Deckengewölbe anstrahlen können und somit für eine besondere Atmosphäre in der Kirche sorgen. Der Altarraum, das Zentrum für den Gottesdienst, wurde durch einen Lichtkranz hervorgehoben, der einen Durchmesser von 4,50 m hat. Die beiden Figuren des Hl. Bonifatius und des Hl. Johannes d.T. haben Ihren ursprünglichen Platz links und rechts an den Säulen im Altarraum erhalten. Ebenso die Figur des Hl. Josef im rechten Querschiff. Die Wände und die Säulen wurden gereinigt und haben einen neuen Anstrich erhalten. Die Aufgänge an der Rückseite der Kirche, wie auch die 4 Nischen an der Rückwand wurden wieder freigelegt, nachdem sie 1933 zugemauert wurden.